Die Tiroler Landesregierung hat in ihrer Sitzung vom 10. Dezember 1968 der Gemeinde Götzens gemäß der Tiroler Gemeindeordnung 1966 folgendes Wappen verliehen: Im blauen Feld ein aufgerichtetes silbernes nach rechts gewendetes Eichhörnchen, das mit beiden Vorderpfoten einen goldenen Zirbenzapfen hält. Die Farben der Gemeindefahne sind silber blau. Das Gemeindewappen erinnert an den urkundlich 1279 bezeugten edlen Ritter Friedrich von Liebenegg, Probst zu Götzens und an dessen Nachfahren, deren 1477 erloschenes Geschlecht sich Götzner oder von Götzens nannten und dieses Wappen führten. 

Zwischen 1128 und 1215 tritt der Ort erstmals in den Bereich der schriftlichen Überlieferung als Odelschalk vom Rieth dem Kloster Polling eine halbe Hube in "Gecenes" schenkte. Graf Heinrich von Staufen tauschte vor 1156 vom Kloster Wessobrunn in Oberbayern als dessen Vogt einen Hof zu "Gezines" gegen einen solchen in Kötzenhusen ein. Der Tiroler Landesfürst die Stifte Wilten umd Stams und die bayerischen Klöster Frauchenchiemsee und Polling besaßen dort laut ihrer Urbare von 1288, 1205 und 1355 grundzinspflichte Güter. Als eigene Steuergemeinde erschien "Gettzens" 1312 im Inntaler Steuerbuch, welches dort 13 Höfe verzeichnet. 

Im Jahre 1501 wurde die Gemeindegrenze gegen Mutters endgültig festgelegt. 1615 zählte die Gemeinde 28 Haushalte und 238 Einwohner. Im Gemeindegebiet liegt die Ruine der Feste Vellenberg, die sich 1232 im Besitze des Herzogs Otto von Andechs befand und auf dem seit 1249 das Geschlecht der Vellenberger saß, dessen Namensträger im 13. und 14. Jahrhundert das Landgericht im Inntal verwalteten. Götzens ist als Dingstätte 1442 urkundlich belegt. Kirchlich war Götzens, das 1786 zu einer selbständigen Pfarrei erhoben wurde, eine Filiale der Urpfarre Axams. Durch das heutige, schönste Rokoko-Land-Gotteshaus im Alpenraum, das auf Anregung des Tiroler Priesterbaumeisters Franz de Paula Penz vom ortsansässigen Maurermeister Franz Singer von 1772 bis 1775 erbaut wurde und prachtvollen Freskenschmuck des Augsburger Matthäus Günther enthält, ist Götzens über die Grenzen des Landes Tirol hinaus berühmt geworden.